Gli amministratori dei fondi di investimento alternativi applicano solitamente una commissione di gestione annuale più elevata rispetto ai fondi tradizionali, al fine di coprire i costi relativi ai team di investimento specializzati, alla due diligence, alle strutture giuridiche complesse e al monitoraggio delle attività illiquide. 

Molti fondi di investimento alternativi applicano una commissione di performance (carry), ad esempio una percentuale degli utili realizzati oltre una determinata soglia (hurdle rate). In teoria, ciò allinea gli interessi del gestore con quelli dell'investitore, ma può anche creare incentivi ad assumere rischi aggiuntivi se la struttura non è ben concepita. 

• Costi di transazione e operativi. Gli investimenti in attività illiquide richiedono una due diligence legale, fiscale e tecnica (soprattutto per immobili, infrastrutture, crediti). Esistono costi di consulenza, valutazione, revisione, custodia e rendicontazione, che sono sostenuti dal fondo e, quindi, indirettamente dall'investitore. 
• Costi di strutturazione e finanziamento. I fondi che utilizzano la leva finanziaria (prestiti a livello di fondo o di veicoli di investimento) sostengono costi di interesse e di organizzazione del finanziamento. Questi aumentano il rischio, ma possono anche amplificare i rendimenti: è importante verificare quale leva finanziaria utilizza il fondo.